La herramienta bioinformática, creada por científicos del Instituto Leloir y del CONICET, permite detectar las diferentes moléculas derivadas de un gen que son necesarias para la fabricación de múltiples proteínas. Podría ser útil para entender enfermedades y mejorar el rendimiento de cultivos.
(Agencia CyTA-Leloir)-. Investigadores argentinos desarrollaron un software que analiza cuantitativamente todas las moléculas mensajeras derivadas de un mismo gen (o varios a la vez) que son necesarias para la fabricación de múltiples proteínas.
La herramienta bioinformática, bautizada ASpli, puede aplicarse al estudio de múltiples enfermedades y procesos biológicos. “Es la cristalización de una serie de algoritmos y procedimientos bioinformáticos que se han ido desarrollando y depurando al ritmo de diferentes estudios y colaboraciones”, afirmó Ariel Chernomoretz líder del desarrollo, jefe del Laboratorio de Biología de Sistemas Integrativa de la Fundación Instituto Leloir (FIL) e investigador del CONICET.
En los genes o porciones de ADN se encuentran codificadas las instrucciones para fabricar todas y cada una de las proteínas que necesita nuestro organismo (y también las plantas) para funcionar. Pero, a partir de la información albergada en un único gen, las células son capaces de fabricar más de una proteína, según un proceso de regulación selectivo que “elige” qué partes de la molécula mensajera (ARN) cortar y cuáles pegar. Este proceso, conocido como “splicing alternativo”, “puede ser analizado con ASpli”, explicó Chernomoretz, también profesor del Departamento de Física de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales de la UBA.
Alteraciones en el splicing alternativo están asociadas a distintos tipos de tumores. Hay muchas otras enfermedades asociadas, como porfirias, fibrosis quística, anemias, hemofilias y encefalomielopatías.
En particular, ASpli se ha utilizado para caracterizar el rol del splicing alternativo en el establecimiento de ritmos circadianos en plantas (para desarrollar cultivos adaptables al cambio climático) y en moscas. “También sirvió para estudiar su rol en procesos de infección viral con dengue en humanos”, destacó la bioinformática Estefanía Mancini, primera autora del estudio, doctorada en la FIL y ahora investigadora del Centro de Regulación Genómica (CRG), en Barcelona, España.
El nuevo software se describe en la revista “Bioinformatics”.
“ASpli permite tener acceso a una caracterización cuantitativa de procesos de splicing que tienen lugar bajo diversas circunstancias: en diferentes tejidos, a lo largo de diferentes estadíos de desarrollo, bajo diferentes estímulos, o cuando el organismo es afectado por diversas patologías. Entender el origen molecular de este tipo de enfermedades y abrir caminos al desarrollo de nuevas terapias es una de las áreas donde nuestra herramienta puede hacer un aporte”, indicó Chernomoretz.
ASpli es de acceso libre para la comunidad científica y desde sus primeras versiones, hasta la fecha, ha sido ha sido descargado más de10.700 veces del sitio de Bioconductor.
“El objetivo es que se vaya generando una comunidad de usuarios que permita a ASpli seguir creciendo en prestaciones y funcionalidad”, destacó Mancini. Y agregó: “En nuestros países, con bajos presupuestos a nivel internacional, todo lo que tenga que ver con desarrollo de software y análisis de datos puede desarrollarse al ritmo de estándares muy competitivos sin las dificultades logísticas que encuentra la ciencia de mesada. Es el conocimiento en sí mismo como producto y actualmente hay una demanda mundial de este tipo de desarrollo”.
Del desarrollo del software también participaron otros investigadores de la FIL y del CONICET: Marcelo Yanovsky (también director del trabajo), Andrés Rabinovich (también primer autor) y Javier Iserte.
Ariel Chernomoretz (izq.) y Marcelo Yanovsky, directores del trabajo, y Estefanía Mancini y Andrés Rabinovich, primeros autores del estudio.
